தனது பதவிக்காலத்தில் 2007 ஆம் ஆண்டு அவசரகாலப் பிரகடனத்தின் போது சுமார் 60 நீதிபதிகளைப் பதவியில் இருந்து தூக்கியது, மற்றும் பெனாசீர் பூட்டோ கொலை வழக்கு எனப் பல்வேறு வழக்குகளில் குற்றஞ் சாட்டப் பட்டுத் தனது பண்ணை வீட்டில் வீட்டுக் காவலில் முஷாரப் உள்ளார்.

இவர் மீது இன்னொரு புதிய குற்றம் இன்று வியாழக்கிழமை சுமத்தப் பட்டுள்ளது. அதாவது 2006 ஆம் ஆண்டு இராணுவ நடவடிக்கை மூலம் பலோக் (Baloch) தலைவர் அக்பர் புக்டி என்பவரைக் கொலை செய்த குற்றத்தின் கீழ் இவர் கைது செய்யப் பட்டு விசாரணைக்கு உட்படுத்தப் பட்டார்.

அதிகாரிகளால் துணை ஜெயில் என அழைக்கப் படும் இஸ்லாமாபாத்திலுள்ள பண்ணை வீட்டில் வைத்து இவரை சுமார் 4 மணித்தியாலங்களுக்கு பலோகிஸ்டான் போலிஸ் தீவிர விசாரணை மேற்கொண்டது. மேலும் 5 போலிஸ் உறுப்பினர்களைக் கொண்ட இக்குழு பண்ணை வீட்டுக்கு வெளியே குவிந்திருந்த நிருபர்களுக்குத் தகவல் அளிக்கையில் புக்டியைக் கொலை செய்த குற்றத்தின் கீழ் இவர் கைதில் உள்ளார் எனத் தெரிவித்துள்ளது. புக்டிக்கு எதிரான இராணுவ நடவடிக்கை மேற்கொள்ளப் பட்ட போது இராணுவத் தலைமை அதிகாரியாகத் தற்போது 69 வயதாகும் முஷாரப் விளங்கியிருந்தார். தற்போது புக்டியைக் கொலை செய்த குற்றத்தின் கீழ் இவருக்குத் தண்டனை விதிக்கப் படலாம் எனத் தெரிவிக்கப் படுகின்றது. ஏற்கனவே 2011 ஆம் ஆண்டு பாலோகிஸ்தானில் உள்ள நீதிமன்றம் இவ்வழக்கில் இவர் மீது கைது ஆணை பிறப்பித்திருந்தது.

தற்போது இவ்வழக்கில் முஷாரப் பதவி வகித்த போது அவருக்குக் கீழ் உள்துறை அமைச்சராகக் கடமையாற்றிய அஃப்டப் அஹ்மெட் ஷெர்பாவோ என்பவர் மீதும் குவெட்டாவிலுள்ள தீவிரவாதத் தடுப்பு நீதிமன்றத்தில் புக்டி கொலை வழக்கின் கீழ் விசாரனை நடைபெறவுள்ளது.