முன்னாள் சீடர் ஆர்த்தி ராவ் புகார் மற்றும் செய்தியாளர், கன்னட அமைப்பினரை தாக்கியது ஆகியவற்றில் நித்யானந்தா மீது குற்றம் சாட்டப்பட்டது. இதனை தொடர்ந்து பெங்களூரில் உள்ள அவரது பிடதி ஆசிரமத்தில் சோதனை நடத்த முதல் மந்திரி சதானந்த கவுடா உத்தரவிட்டார்.

இந்நிலையில் நித்யானந்தா தலைமறைவானார். அவரை கைது செய்யும் முயற்சியில் கர்நாடக போலீசார் தீவிர முயற்சியில் இறங்கினர். இதனை தொடர்ந்து போலீசில் பிடிபடாமல் இருக்க 13.06.2012 அன்று ராமநகரம் மாவட்ட அமர்வு நீதிமன்றத்தில் நீதிபதி கோமளா முன் சரணடைந்தார்.

அப்போது தனக்கு ஜாமீன் கோரி மனு தாக்கல் செய்திருந்தார். சரணடைந்த அவரை ஒரு நாள் காவலில் வைக்க நீதிபதி உத்தரவிட்டார். இதனை தொடர்ந்து, கர்நாடகா போலீசாரால் கைது செய்யப்பட்டு சிறையில் அடைக்கப்பட்டார்.

விசாரணைக்காக இன்று (14.06.2012) ராமநகரம் நீதிமன்றத்தில் மீண்டும் ஆஜர்படுத்தப்பட்டார். இவரது ஜாமீன் மனுவை ஏற்றுக் கொண்ட நீதிபதி கோமளா அவருக்கு நிபந்தனையின் பேரின் ஜாமீன் வழங்கி உத்தரவிட்டார். மேலும் அவர் பிடதி ஆசிரமத்துக்கு செல்லவும் தடை விதித்தார்.

இந்நிலையில் ஜாமீனில் வெளிவந்த நித்யானந்தா மீண்டும் கைது செய்யப்பட்டார். அவர்மீது, பொது அமைதிக்கு குந்தகம் விளைவித்ததாக எழுந்த குற்றச்சாட்டின் அடிப்படையில் அவரை கைது செய்துள்ளதாக போலீசார் தெரிவித்துள்ளனர்.